История кафедры начинается с созданной в 1930 году кафедры общей и неорганической химии, которую возглавил доцент Чекунов Георгий Никандрович. В послевоенные года этой кафедрой руководили доценты Шульгина М.П., Харчук Е.С., Ивахненко П.Н., а с 1969 года коллектив кафедры под свою опеку взяла доцент Михайличенко Нелина Иссидоровна.
Нелина Иссидоровна была лектором от Бога, пользовалась большим уважением у студентов и сотрудников. Она подготовила и издала учебник для студентов первого курса медицинских институтов «Общетеоретические основы химии», который в настоящее время используется в обучении. Темой научных интересов Н.И. Михайличенко было исследование комплексных соединений ниобия, тантала и других элементов.
Первые лекции по курсу органической химии были прочитаны доцентом Ромичевым Дмитрием Матвеевичем, расстрелянным фашистами в феврале 1943 года за участие в партизанском отряде в Петропавловском районе Днепропетровской области. Курсы органической, физической и коллоидной химии до 1965 года входили а состав кафедры биохимии.
С октября 1965 года эти курсы были выделены в самостоятельную кафедру органической и физколлоидной химии. Кафедру возглавил доцент Руденко Николай Захарович, выпускник Ростовского государственного университета. После Н.З. Руденко кафедру возглавила доцент Никонова Альвира Александровна, кандидат биологических наук, выпускница МГУ. В 1987 году произошло слияние трех кафедр биохимии, биоорганической и биофизической химии и общей и неорганической химии. Объединенная кафедра получила название медицинской химии, ее возглавил профессор Сорока Виктор Романович.
В 1995 году произошло разделение этой кафедры на две – кафедру биохимии и кафедру общей, органической и физической химии. Руководителем последней стал доцент Рождественский Евгений Юрьевич, кандидат химических наук, выпускник Донецкого государственного университета. Со временем эта кафедра стала называться кафедрой медицинской химии и на кафедре обучались студенты первого курса всех факультетов.
С организацией фармацевтического факультета коллективом кафедры медицинской химии были разработаны и внедрены в учебный процесс новые курсы для студентов-фармацевтов: неорганическая химия, органическая химия, аналитическая химия, физическая химия. Назрела необходимость создания для студентов-фармацевтов новой кафедры – фармацевтической и токсикологической химии, которую в 2008 году возглавил доктор химических наук Матвиенко Анатолий Григорьевич. С появлением этой кафедры на кафедре медицинской химии для студентов-фармацевтов остался только курс неорганической химии.
В 2011 году все кафедры химического профиля были объединены в кафедру химии, руководителем которой был назначен д.х.н. Матвиенко А.Г.
В 2015 году было решено целесообразным выделить из состава кафедры химии курса «Биологическая химия». Для преподавания этого курса была организована кафедра биохимии во главе с заведующей кафедрой доцентом Шатовой Ольгой Петровной.
Кафедра химии была переименована в кафедру фармацевтической и медицинской химии и ее заведующим был назначен доцент Рождественский Е.Ю. На кафедре проходят обучение студенты I курса всех факультетов по предметам «Медицинская химия» и «Биоорганическая химия», а также студенты всех курсов фармацевтического факультета по дисциплинам: неорганическая химия, органическая химия, аналитическая химия, физическая химия, фармацевтическая химия, и токсикологическая химия. Сотрудники кафедры выполняют значительную педагогическую и методическую работу. Относительно научных исследований, то в основном кафедрой ведется работа по педагогике высшей школы, что позволяет шире освещать в учебном процессе вопросы медицинской направленности и элементы профилизации.