Лечебный факультет №2 является наследником лечебно-профилактического факультета Сталинского (Донецкого) медицинского института и начинает свою историю с 28 ноября 1930 года. Первым деканом единственного в то время лечебно-профилактического факультета, на котором обучались студенты по специальности «лечебное дело», был заведующий кафедры нормальной анатомии человека профессор Довгялло Николай Дмитриевич. В 1931–1932 гг. на кафедрах факультета начали работу талантливые учёные и преподаватели: профессора А.В. Анучин, В.М. Богославский, Н.Н. Благовещенский, Е.И. Бунин, А.И. Войнар, К.Н. Жмакин, Б.Я. Каплун, С.Ф. Летник, Н.И. Медведев, П.А. Миниович, Н.И. Романцев, И.М. Чижин, М.А. Чалисов, А.И. Чаругин и многие другие.
В годы Великой Отечественной войны обучение в институте было прервано.
После Великой Отечественной войны студентов по специальности «лечебное дело» в разные годы готовили на первом и втором лечебном, лечебно-профилактическом, вечернем факультетах и единственном медицинском факультете.
Начиная с 1994 года, после расформирования единственного медицинского факультета, врачей по специальности «лечебное дело» готовили два медицинских факультета — №1 и №2. Деканом медицинского факультета №2 в 1994 г. был избран профессор Лыков Алексей Александрович (руководил факультетом до 2003 г.).
С 2003 г. по 2015 г. медицинский факультет №2 возглавлял профессор кафедры неврологии и медицинской генетики Джоджуа Анзор Георгиевич.
В январе 2015 г. деканом медицинского факультета №2 был избран доцент кафедры акушерства и гинекологии Тутов Сергей Николаевич.
В сентябре 2018 г. медицинский факультет №2 был переименован в лечебный факультет №2.
В сентябре 2022 г. деканом лечебного факультета №2 назначен профессор кафедры анатомии человека Пацкань Игорь Иванович.
Лечебному факультету №2 принадлежат 12 кафедр, из которых 8 клинического и 4 медико-биологического профиля. Восемь кафедр возглавляют профессора, ещё четыре — доценты. Широко известны в стране и за её пределами научные школы профессоров Н.Д. Довгялло, В.М. Богословского, Б.С. Агте, К.Т. Овнатаняна, А.Я. Губергица, М.И. Франкфурта, Л.Т. Завгороднего, А.Ф. Греджева, Б.А. Шапаренко, А.Я. Штутина, Я.В. Оберемченко и др. На протяжении многих лет факультет занимает первые места в учебно-методической и научной работе в университете. Продолжается работа по изданию монографий, учебных пособий, научной литературы. Профессорско-преподавательский состав факультета поддерживает тесные связи с научными организациями других стран, принимает участие в различных форумах, съездах, конференциях.
Кафедры факультета оснащены всем необходимым для проведения обучения на современном уровне. Учебные базы расположены в Республиканской клинической больнице им. М.И. Калинина, Республиканском травматологическом центре, городских клинических больницах.
На протяжении многих лет факультет ведёт активную учебно-методическую и научную работу. Студенты факультета занимали первые места в Московской Международной студенческой хирургической Олимпиаде им. академика М.И. Перельмана, IV Всероссийской студенческой олимпиаде по сердечно-сосудистой хирургии с международным участием. Принимают активное участие в олимпиадах по предметам: патологическая анатомия, фармакология, физиология, биохимия, терапия. Проходят уникальные стажировки в ведущих научных медицинских центрах (НМИЦ им. Блохина г. Москва, НМИЦ г. Нижний Новгород). Публикуются в научных журналах и участвуют в научных конференциях. Участвуют в семинарах. Проводят тренинги и ведут активную работу студенческих научных кружков по различным направлениям. Многие выпускники факультета стали известными учёными и организаторами в медицинской отрасли.